后殿，是地宫的主殿。面宽30.1米，进深9.1米，顶高9.5米。室内地面铺砌边长为0.81米的花斑石石板，里侧居中部位设有棺床。棺床中心位置留有方孔，内实黄土，即风水术中所说的“金井”。神宗皇帝、孝端皇后和孝靖皇后的棺椁均置于棺床上，神宗皇帝的棺椁居中，孝端、孝靖两后棺椁分置左右。棺床上陈设着帝后的棺椁及随葬器物箱，随葬器物箱多置宝座两端，计有26件，表面均油饰朱漆。
中殿，进深32米，室顶高7.2米，地面铺砌金砖。室内陈设着一帝二后的神座、五供和长明灯。神座，白石雕刻而成，制如帝后生前所用的御座。皇帝的靠背和扶手上各雕龙头。皇后的神座式同皇帝神座，但靠背及扶手之上各雕凤头。五供，均为黄色琉璃制品，香炉一个，烛台两个，花瓶两个，分置白石座上。五供之前为长明灯，以高和口径约为0.7米的青花云龙大瓷缸为灯具，上有“大明嘉靖年制”的题款。缸内储油、灯芯、灯捻儿以供入葬时点燃。
前殿，面宽6米，进深为20米，顶高7.2米。且室内无任何陈设。殿内金砖上铺有一层黄松木板。板材的尺度一般长3.9米，宽0.3米，厚0.1米左右，是安葬帝后梓宫时保护地面用的。木板上留有当年梓宫入葬时龙輴（一种专门用于运送棺椁的车子）车轮压出的车辙。
左右配殿，又称左右配殿或侧穴，对称地设于中室两侧。平面均作横向长方形，面宽各26米，进深各7米，顶高各7.4米，室内地面各铺青白石石板，里侧各设宝座（棺床）一座。宝座形制亦为白石须弥座镶边。宝座上部平铺方砖，中部亦为各设一金井，室内无陈设。
